может ли сотрудник ООО как Физ.Лицо сдать 1этаж своего коттеджа, оборудованного под офис в аренду, заключив договор?
-Должен ли в этом случае физ.лицо сначала стать ИП, встав на учет в налоговую, или будет достаточно, если как ФЛ он будет платить по прошествии года налог 13% с полученной суммы по договору аренды с ООО.

если переведёно, то может просто так сдать в аренду, не регистрируясь, как ИП.
Налоги будет платить, как и верно вы указали - 13% НДФЛ