вопрос налоговикам. Можно ли в рамках выездной проверки ИП проверять его доходы, полученные им как наёмным работником?

нет, нельзя.
проверяется только его деятельность как должностного лица (т.е. ИП)
А все остальное тоже через УФМС, но с других доходов

нет

Нет. проверка производится только в объеме, указанном в направлении на проверку. Если видите нарушение или "перегиб" палки просто не допускайте к проверке