Посоветуйтесь с юристом. Вопрос не только в том платить НДС или нет, вопрос еще и в степени ответственности учредителей, в предполагаемых объемах работ и тд, и тп. Из практики работы могу отметить, что многие постащики материалов (а куда без них?) и заказчики с неохотой сотрудничают с предприятиями не являющимися плательщиками НДС. Но если Ваше предприятие будет работать с частными лицами, занимаясь индивидуальным строительством, то упрощенка предпочтительнее. Все зависит от задач, которые Вы перед собой ставите.
Смотря кого собираетесь кормить.
Лучше две: одну для любителей НДС (частенько это госпредприятия) другую на УСН .
другую на УСН .